《六祖坛经》禅学思想之一：“佛法不二”思想。
《六祖坛经》中记载，“为是二法（指禅定与解脱），不是佛法，佛法是不二之法”、“无二之性，即是佛性”、“无二之性，即是实性。
实性者，处凡愚而不灭，在贤圣而不增，住烦恼而不乱，居禅定而不寒不断不常，不来不去，不在中间，及其内外不生不灭，性相如如，常住不迁，名之曰道很明显，惠能佛法不二说法是佛家之心性一元论，道家之道一元论、气功之气一元论的另一个说法，慧能佛法不二的说法其实归根于道，可以明显看出中国禅受中国传统文化道学的影响。而且方东美先生还从“格义学”角度以及当时的文化背景论证了中国佛学在形成阶段主要是受道家思想的影响。
《六祖坛经》禅学思想之二：自修自悟“顿悟成佛”。
“自修自悟”是惠能修禅基本原则，《六祖坛经》指出“善知识，见性自净，自修自作法身，自行佛行，自作自成佛道。”惠能的自悟自修首先是建立在依自力不依他人的基础上的。
《六祖坛经》还指出“若自悟者，不假外善知识，若取外求善知识望得解脱，无有是处”惠能在自悟自修的基础上并不排斥“外善知识”的“示导作用”。
《六祖坛经》又指出“心地含情种，法雨即生花，自悟花情种，菩提果自成”。惠能的自悟自修说明了他自力更生的主张及揭示外因通过内因而起作用的原理。
佛在那里，佛那到底是什么，惠能通过自悟则认为，通过“顿悟”就可以成佛，人的心中自有佛的存在，人自己的佛才是真的佛，而所谓成佛实际就是“明心见性”，所以中国禅强调自性是佛。
禅宗开创了通过禅修，直指人心、见性成佛的直觉思维方式，或者可以说一种直觉的辩证法。其中主要有菩提达摩的直觉真性说；道信、弘忍东山法门的“念心”、“守心”直觉方式；神秀的佛尘看净说；惠能的顿见本性说等。其中，惠能的顿见本性说则最有代表性。惠能以众生本性为般若直觉的直接对象，“不立文字，直指人心”是他“顿见本性”的直觉思维特点。惠能明确地把“本性即佛”作为“顿悟成佛”的理论出发点。他说：“本性是佛性，离性无别佛”，“当知愚人智人，佛性本无差别，只缘迷悟不同，所以有智有愚。”惠能佛性说的特点在于把佛性看作人的惟一特性，把成佛的途径通过“内求于心”，转移到对自己“本性”的觉悟上来。而《六祖坛经》也就是慧能自身修行的悟性、灵感之体现。
《六祖坛经》禅学思想之三：“不立文字”。
禅宗“不立文字，教外别传”“以心传心”之渊源是释迦牟尼的“拈花微笑”的典故。惠能南宗的“不立文字”之本意并非完全主张不要文字，也不仅仅是教导弟子们在学习经教时不执着、不拘泥于文字，而是要突破语言文字的遮蔽，努力去把握语言文字后面所蕴含的真理。
《六祖坛经》指出“若大乘人，若最上乘人，闻说金刚经，心开悟解，故知本性自有般若之智、自用智、常观照，故不假文字”也就是说那些具有超常、广大智慧的人，听到人讲说《金刚经》的话，就立即明白领悟到佛法的真义。知道了人的本性之中具有般若的智慧，自己还能用此智慧观察审视，所以也就不一定要借助文字。这种说法很现实。功在自然有，悟在无意生，禅悟不应当受文字束缚。
惠能高举“不立文字”的旗帜，主要从如下三方面对隋唐以来佛教的弊端进行了变革：
在修持上反对公式化的修行模式，寄禅法于日常行住坐卧的生活之中；是惠能在修持上回归于佛陀之本怀。
反对形式化的受戒仪规，主张“无相戒”；即心戒，是惠能在持戒上回归于当初佛陀制戒的本怀。
在教义上反对经院化的繁琐义理研究，宣扬关注现实人生的佛法；从教义上回归了佛陀当初创教之本怀。
《六祖坛经》禅学思想之四：“三无”思想。
“三无”思想即“无念为宗，无相为体，无住为本”。六祖把其视为禅门修行的三大纲领。《坛经》进入《定慧品》，祖曰：“善知识，我此法门，从上以来先立无念为宗，无相为体，无住为本。”何为无念？《六祖坛经》的解释是：“于诸境上心不染着曰无念。于自念上，常离诸境，不于境上生心，若只百物不思，念尽除却，一念绝即死。”无念并非什么境界都不接触，或者什么都不想，而是在接触外境的时候，心不染着境界，如同明镜，境来则现，境去则无。何为无相？《六祖坛经》说：“外离一切相名为无相，能离于相则法体清净，此是以无相为体。”实相无相，但实相也并非离开万物，别有所指，这就需要有般若，以般若故不住于相，透过诸相，始能通达法性。
何为无住？《坛经》释曰：“念念之中不思前念，若前念今念后念，念念相续不断，名为系缚于诸法上，若前念不住即无缚，此是以无住为本。”心住于境，则是心为境所缚，倘不住于境，则解脱也。所以般若思想以无住生心，为修行的要领。